以前作ったアプリを新しいPCにコピーしてコンパイルしようとした所、下のメッセージが表示されコンパイル出来なくなりました。

Unable to execute dex: Multiple dex files define

翻訳すると”複数の”dexファイル”が定義されてる”という事。

他のアプリと比較していった所、Android Private Librariesの中に

google-play-services.jar
GoogleAdMobAdsSdk-4.0.4.jar

の2種類が入っていました。
今回のバージョンアップも兼ねて”google-play-services”を参照する様に変更したんですが、以前もプロジェクトのlibsフォルダに”GoogleAdMobAdsSdk-4.0.4.jar”を入れていたのでjarがダブってしまったのが原因でした。
”GoogleAdMobAdsSdk-4.0.4.jar”を削除した所、問題なくコンパイルが通るようになりました。
ビルド・ターゲットを変更する際はこういう所もチェックしましょう。